Zdecydowana większość skryptów CMS i sklepów internetowych do przechowywania danych wykorzystuje bazy MySQL. W panelu DirectAdmin można w prosty i szybki sposób dodawać i zarządzać swoimi bazami oraz dostępem do nich.
Aby zarządzać bazami danych MySQL w panelu DirectAdmin, należy wybrać opcję „Bazy danych” w zakładce „Zarządzanie kontami”.
Otworzy się strona z listą baz danych oraz najważniejszymi opcjami związanymi z zarządzaniem bazami danych. Pod listą znajduje się formularz tworzenia nowej bazy danych. Jeżeli użytkownik ma mieć inną nazwę niż domyślna (taka sama jak nazwa bazy) lub z góry narzucone hasło, formularz można rozwinąć aby wyświetlić dodatkowe pola.
Po kliknięciu przycisku "Zarządzaj" z prawej strony listy przy wybranej bazie danych otworzy się panel zarządzania bazą danych. Na górze znajdują się przyciski pozwalające na przejście do listy baz danych, panelu zarządzania kontami użytkowników baz danych oraz do panelu phpMyAdmin.
Poniżej znajduje się okno z najważniejszymi statystykami dotyczącymi obecnej bazy danych.
Jeszcze niżej znajduje się sekcja pozwalająca na zarządzanie kontami bazy danych.
Pod sekcją zmiany hasła, znajdują się dwie kolejne. Pierwsza pozwala na zarządzanie dostępem tego konta do poszczególnych baz. Druga służy przyznawaniu różnym urządzeniom dostępu do konta. "localhost" to wartość domyślna, jest nią sam serwer na którym znajduje się konto. W pasku można wprowadzić adres IP (v4 lub v6), lub znak "%" jeżeli do konta ma mieć dostęp każde urządzenie. Dodanie zatwiedza się przyciskiem pod paskiem.